Salito al soglio pontificio col nome di Alessandro VI, Rodrigo de Borja [Borgia], nipote di papa Calisto II, regge le sorti della Chiesa romana per un decennio, dal 1492 al 1503, durante il quale i compositori franco-fiamminghi sono ancora fortemente presenti nelle vita musicale vaticana. Accanto a loro tuttavia si fanno avanti compositori di area latina, come nel caso di Juan del Uncina, invitato alla corte di papa Borgia, e di Francisco de Peñalosa, che, entrato al servizio del re spagnolo Ferdinando il Cattolico nel 1498, entrò nel 1517 a far parte del coro della cappella del papa. Di quest'ultimo si conservano sei messe complete, cinque delle quali si basano su un cantus firmus profano.

In una registrazione discografica del 2006, intitolata "Borgia", la Capella de Ministrers e il Cor de la Generalitat Valenciana diretti da Carles Magraner, offrono una interessante selezione di brani dello stesso Peñalosa e di altri autori, nell'intento di offrire uno spaccato di quella parte della vita musicale romana, durante il papato di Alessandro VI, legato ad autori di origine iberica.